Tarihin babası Herodota göre, Kaunos halkı aslında Giritten göç etmiş Karyalılardır. Efsaneye göre, Miletosun biri kız diğeri erkek ikiz çocukları varmış. Erkek olanın ismi Kaunos, kızın ismi ise Byblis miş. 

Çocuklar beraberce büyüdükten sonra, genç kız Byblis erkek kardeşine olan aşkını içeren bir mektup yazmış. Bu mektubu alan Kaunos, kız kardeşine olan nefret  ve kızgınlığından, Karyayı terk etmiş ve bu bölgeye gelip, kendi adı ile anılan şehri kurmuş. Kız kardeşi, Byblis intihar etmeye karar vermiş ve yüksek bir kayadan atlamış ancak periler kıza çok acımış, ölümüne izin vermemişler, onu pınar haline getirmişler. Kızın gözyaşlarıda nehir olmuş. Bu hikayeye karşı diğer bir öyküde; Baba Miletos, oğlu Kaunosun kızkardeşine olan aşkına çok kızmış ve oğlunu Miletten kovmuş. Buraya gelen Kaunos, kendi adı ile anılan şehri inşa etmiş.

M.Ö 6. yy itibarı ile Kaunos, Pers kontroluna girmiş. Şehir, Attica Delos konfederasyonuna üye olmuş. Kaunoslular, imparator Xerxes in Perslerle yaptığı bağımsızlık savaşına katılımı, Kaunos önemli bir liman ve ticaret merkezi olarak işlevini devam ettirmiş ancak yerleşimin aluvyonlarla dolması ve daha sonrada öldürücü sivrisineklerin tehdidinden şehir terk edilmiştir.

Mimarı açıdan dikkat çeken ;  Tiyatro ve hamam kalıntıları hala iyi durumdadır. Hamam kalınlıtaları Karya döneminden kalan, Anadoluda en iyi korunmuş kalıntılardır. Kaunos şehrinin, tuz, balık ve incir ticareti ile  ünlendiği, ayrıca esir ticaretinde de önemli rol oynadığı belirtilmektedir.