M.Ö 8. yy itibarı ile Apollon ve Artemis tapınaklarının varlığı ile kutsal bir alandır. Tanrı Apollonun evidir. Arkaik ve Hellenistik döneminde Didim Anadolu için en kutsal tapınakların evi olarak algılanmıştır. 

Apollon tapınağı, M.Ö 494 yılında Persler tarafından yıkılmış, tapınak İrana götürülmüştür. M.Ö 3. yy da tapınak tekrar inşa edilmiş ancak kalıntılardan bu tapınağın bitirilmediği anlaşılmaktadır. Tapınak, 109 m uzunluğunda, 51 m genişliğinde 124 kolon üzerinde inşa edilmiştir. Girişteki 7 yüksek basamaklı, 12 sütunlu kaide, çukurda kalan bölümü yükseltmek içindi. Kıvrımlı bir geçişle ulaşılan ana avluda Naiskos tapınağı vardı. Tapınağın kutsal bölümü Apollo tapınağının bulunduğu alandı. Tapınak duvarlarınaki kazınmış yazılar, işçilerin aldığı günlük ücretleri göstermektedir. Tapınak, sonderece zengin süslemelere sahipti. Daha sonra bulunan kalıtlardan tapınağın mimari büyüklüğünün bir nedene bağlanmadığı, kehanet merkezi olması etkindi. Efsaneye göre; tapınağa gelenler kutsanmadan önce kutsal çeşmede yıkanır, kötülüklerden arınırmış. Kutsanma arzularının ne kadar ciddi olduğunun teyidi için bir bedel öderlermiş. Özel durumlarda bu bedel 11 kez ödenirmiş. Kutsanma isteğinin tanrı tarafından kabul edilmesi içinde bir hayvan-çoğunlukla keçi-kurban edilirmiş. Hayvan kurban edilmeden önce, soğuk su hayvana dökülürmüş. Eğer kurban edilecek hayvan dökülen suya tepki vermezse, yapılan işlem tekrar edilirmiş. Aday iç mabede alınınca töreni yönetene sorularını sorabilirmiş. Aday, iç mabedteki 12 sütun arasına alınırmış. Kurban edilen hayvanın organları, özellikle ciğeri dikkatlice incelenirmiş. Törendeki papazlar, Adayın kutsanma isteğini rahibeye iletirmiş. Rahibe kutsal çeşmeden su içer ve daha sonra anlaşılmaz birtakım şeyleri garip seslerle mırıldanırmış. Töreni yöneten Rahip, bu mırıldanmaları tercüme edermiş. Adayda bu tercüme edilenleri aynen tekrar edermiş. Kahinin gaipten verdiği haber ve kehanetler anlaşılabilir dille yazılmıştır. Klasik Yunan da kutsama ile ilgili geniş bir anlatım mevcuttur. Tapınağın güney batısında stadyum bulunmaktadır. Stadyumun oturma yerlerinin, tapınak merdivenleri olduğu söylenmektedir. Her dört yılda bir Miletle ortak festival ve oyunların düzenlendiği bilinmektedir.